感染二科设在福建医科大学孟超肝胆医院西洪院区门诊楼7层，是国家重大传染病防治基地、国家中医重点专科、福建省感染性疾病重点专科、福州市感染病医学中心等项目的重点科室、鼓楼区结核病定点医疗机构，集医、教、研为一体的感染病专科。作为传染病的定点收治科室，负责各种感染性疾病包括疟疾、登革热、结核、麻疹、水痘、流行性腮腺炎、狂犬病、肾综合征出血热、感染性腹泻、伤寒、霍乱、细菌性痢疾、布鲁氏菌病、梅毒、食源性寄生虫病等的诊治工作。重点攻关包括新发再发传染病、疑难发热待查、寄生虫病、结核病、细菌真菌感染、中枢神经系统感染、旅行医学等亚专业的诊治，建立了疑难感染病综合诊疗技术体系、抗菌药物合理应用体系、感染性疾病精准诊疗平台等，承担着各种新发突发传染性疾病的公共卫生救治工作。